حصلت على ثلاث نسح خطية لكتاب "شرح علل الترمذي"، وفيما يلي وصف لهذه النسخ، مع إثبات نماذج مصورة عن أولها وآخرها:

١ - النسخة الأولى:

وهي نسخة أحمد الثالث - تركيا: ذات الرقم ٥٣٢ حديث. ويوجد عنها نسخة مصورة بالمكيروفيلم في معهد المخطوطات بجامعة الدول العربية، ورقمها في المعهد ٢٤٨، وتبلغ عدة أوراق هذه النسخة ١٥١ ورقة.

وقد كتب على الورقة الأولى منها: "كتاب شرح علل الترمذي للإمام العلامة زين الدين بن رجب"، وهي بخط قاضي القضاة ابن اللحام بدمشق، وعليها خط المؤلف في مواضع كثيرة.

كما كتب عليها: "خمس عشرة كراسة وورقة واحدة". وفي الصفحة الأولى من هذه النسخة:

بسم الله الرحمن الرحيم وبه ثقتي وعليه توكلي:

قال شيخنا الإمام العلامة، شيخ الإسلام، حافظ مصر والشام أوحد العلماء، الأعلام أبو الفرج عبد الرحمن زين الدين بن رجب البغدادي الحنبلي فسح الله في مدته وختم له بخير في عافيته بمنه وكرمه، في كتاب شرح الترمذي له: كتاب الترمذي.

أما آخر هذه النسخة فهو:

"ووجدت في آخر نسخة من نسخ كتاب الجامع للترمذي مما كتب باليمن