يتكون المركز مما يلي:

مجلس الإدارة - المدير العام - المجلس العلمي - الأقسام العلمية - الأقسام الإدارية.

مجلس الإدارة:

مجلس الإدارة هو المرجع الأعلى للمركز ويتكون من:

١ - صاحب السمو الملكي الأمير مقرن بن عبد العزيز. أمير منطقة المدينة المنورة

...

رئيسًا

٢ - فضيلة الدكتور صالح بن عبد الرحمن المحيميد. رئيس المحاكم الشرعية بالمدينة المنورة

...

نائبًا للرئيس

٣ - معالي المهندس عبد العزيز بن عبد الرحمن الحصين. أمين المدينة المنورة

...

عضوًا

٤ - سعادة المهندس عبد الكريم بن سالم الحنيني. وكيل إمارة منطقة المدينة المنورة

...

عضوًا

٥ - سعادة الأستاذ عبد الرحمن المويلحي. مدير فرع وزارة الشؤون الإسلامية والأوقاف والدعوة والإرشاد في المدينة المنورة

...

عضوًا

٦ - ثلاثة من المهتمين باختصاصات المركز، وقد تم اختيار كل من:

...

معالي الشيخ صالح بن عبد الرحمن الحصين. الرئيس العام لشؤون المسجد الحرام والمسجد النبوي

...

عضوًا

سعادة الدكتور محمد سالم بن شديد العوفي. الأمين العام لمجمع الملك فهد لطباعة المصحف الشريف

...

عضوًا