درج الحاكم، من أول كتابه «التهذيب في التفسير» إلى آخره، على تفصيل القول في الآية أو مجموعة الآيات التي يتناولها بالتفسير جملة- كمقطع أو وحدة تفسيرية- ضمن هذه النقاط الأساسية الثابتة، وهي: القراءة اللغة، الإعراب، المعنى، الأحكام. مرتبة على هذا الشكل، يضاف اليها في بعض الأحيان: النزول، إذا كان للآية سبب نزول خاص، ونقاط أخرى يراها ضرورية في بيان بعض الآيات دون بعض، وهي: النظم، إذا كان وجه ارتباط الآية بما قبلها مشكلا أو يحتاج إلى بيان. والفقه، إذا كانت الآية تتناول بعض الأحكام الفقهية في باب العبادات أو المعاملات.

والقصة، إذا كان موضوع الآيات خبرا من أخبار الأمم السابقة، وكان في بعض الروايات تفاصيل زائدة عما يدل عليه الظاهر، كما سنفصل القول في ذلك في هذا الفصل. وترتيب هذه الفقرات جميعا عنده، على النحو