كان منهج المطري في كتابه هذا واضحًا، فقد اعتمد فيه على الرواية بالسند، وطالت سلاسل بعض الأسانيد عنده، حتى استغرقت أسطرًا كثيرة واستوى في ذلك الخبر الطويل أو القصير، حتى إن إحدى نسخ الكتاب المخطوطة ملّ صاحبها من ذلك وحذف أسانيدها.

كما اعتمد على كثير من المصادر الأصيلة العامة أو الخاصة بتاريخ المدينة، ومثال الأولى الصحيحان، وبعض كتب السنة، وكتب الأنساب والتاريخ، مثل مؤلفات الزبير بن بكار والطبري وابن خلكان وابن كثير.

ومثال الثانية الاعتماد على ابن زبالة في تاريخه عن المدينة. ومحب الدين ابن النجار (ت ٦٤١ هـ) في كتابه «الدرة الثمينة في تاريخ المدينة» الذي اعتمد عليه كثيرًا، حتى إن حاجي خليفة وصف كتاب المطري بأنه ذيل على كتاب ابن النجار. كما أورد عددًا من المصادر الأخرى رجع إليها في الغالب مرة واحدة أو سمعها من أصحابها.

ويمكن رصد ملامح منهج المطري بما يأتي

- أنه يبدي رأيه في محاربة كثير من البدع التي تمارس داخل المسجد النبوي، ويصف مَنْ يقوم بها بالعامة أو الجهال، أو يصعفه بذكره بصيغة: «يقول عوام الناس»، وأحيانًا يقول: «لا يصح ذلك»، أو «كل هذا لم يرد به نقل فلا يعتمد عليه».