تتكون خطة البحث من مقدمة، وتمهيد، وقسمين، وخاتمة، وفهارس.

المقدمة: وتشتمل على ما يلي:

أهمية الموضوع، وأسباب اختياره، وأهدافه، وخطة البحث، ومنهجي في البحث.

التمهيد: وفيه ترجمة موجزة لابن عقيل.

القسم الأول: مصادر ابن عقيل ومنهجه في التفسير، وفيه ثلاثة فصول:

الفصل الأول: مصادر ابن عقيل في التفسير، وفيه أربعة مباحث:

المبحث الأول: مصادر القرآن وعلومه.

المبحث الثاني: مصادر الحديث.

المبحث الثالث: مصادر الفقه.

المبحث الرابع: مصادر العقيدة.

الفصل الثاني: منهج ابن عقيل في التفسير، وفيه خمسة مباحث:

المبحث الأول: تفسير القرآن بالقرآن، وفيه ثلاثة مطالب:

المطلب الأول: جمع النظائر.

المطلب الثاني: تخصيص العموم.

المطلب الثالث: تقييد المطلق.

المبحث الثاني: تفسير القرآن بالسنة، وفيه ثلاثة مطالب:

المطلب الأول: بيان المجمل.

المطلب الثاني: تخصيص العموم.

المطلب الثالث: تقييد المطلق.

المبحث الثالث: تفسير القرآن بأقوال الصحابة والتابعين، وفيه مطلبان:

المطلب الأول: تخصيص العموم.

المطلب الثاني: دفع موهم التناقض.

المبحث الرابع: تفسير القرآن باللغة، وفيه ثلاثة مطالب:

المطلب الأول: اهتمامه بمعاني المفردات، ومعاني الحروف، ومرجع الضمائر.

المطلب الثاني: عنايته بالشعر، وأقوال العرب.

المطلب الثالث: اهتمامه بالأوجه البلاغية ولطائف التفسير.

المبحث الخامس: تفسيره لآيات الأحكام، وفيه ثلاثة مطالب:

المطلب الأول: مذهبه الفقهي.

المطلب الثاني: نقله للإجماع.

المطلب الثالث: اهتمامه بالقياس.

المطلب الرابع: منهجه في الاستنباط.

الفصل الثالث: علوم القرآن عند ابن عقيل، وفيه أربعة مباحث:

المبحث الأول: الناسخ والمنسوخ.

المبحث الثاني: أسباب النزول.

المبحث الثالث: المحكم والمتشابه.

المبحث الرابع: العام والخاص.